Continuando as aventuras de 3D-Force, Joe Takeda o Shadow-Condor se junta a equipe, e todos continuam enfrentando o Plutus, mas eles não sabem que tem mais uma ameaça para eles enfrentarem. Ginga-Bits. Quem será essa criatura misteriosa que quer exterminar os 3D-Force? Porém eles acabam de ter novos Power-Ups, os cristais que farão eles ativarem o Modo Super para enfrentar as forças do mal. E também eles ainda terão que lidar com problemas pessoais e emocionais que pode definir o legado deles.