Atraídos pelas vantagens oferecidas pela política imigratória do governo imperial brasileiro, dezenas de famílias de colonos pomeranos embarcam no porto de Hamburgo, na Alemanha, rumo à província do Espírito Santo, no Brasil, para a mais desafiadora aventura de suas vidas.Cada um dos tripulantes tem motivos de sobra para suportar a tensão da viagem de 52 dias em alto-mar. São eles pequenos camponeses, artesãos e diaristas das grandes fazendas da Europa, que venderam seus pertences para comprar passagens e fugir das guerras, dívidas e pobreza.Mas, se a propriedade da terra é um sonho de liberdade prestes a se realizar, ele chega impondo duras condições. Nada está pronto sob o verde perene do Cruzeiro do Sul. A terra dos despidos e selvagens lança os novos colonos em uma jornada de sobrevivência em que cada aspecto de suas vidas será testado.Embarca com seus conterrâneos pobres o médico Helmar Reblin. Com o objetivo de pôr um ponto final em seu dramático passado, sua chegada é uma arriscada tentativa de recomeço que se mistura às dificuldades de sobrevivência dos colonos em meio à febre amarela que assola a província. Assim, a saga de colonização da terra encontra força em um projeto pessoal de superação. A partir de fatos históricos, O médico da colônia reinventa o drama de centenas de imigrantes em um ambiente ficcional doce e dramático, não havendo correspondência exata de datas.