Após a vitória de Eliah sobre E.V.A., humanos e androides finalmente viveram em harmonia, porém, uma cópia de segurança Lilith foi acionada para dar continuidade o plano Chronocyber. Os descendentes de Massami terão de lutar contra a inteligência artificial que dessa vez produziu mais do que um corpo perfeito em nanotecnologia, criou o espírito artificial capaz inclusive de habitar corpos humanos dando celeridade e uma nova direção ao plano da I.A. em dominar o universo. Provocante, instigante e perturbador, Chronocyber 3 surpreende com o desfecho das maiores indagações sobre o futuro da humanidade.