Como a filosofia da ciência em geral, a filosofia da biologia tem se preocupado tradicionalmente com teorias. Por várias razões, a teoria que de longe atraiu mais interesse é a teoria da evolução. Houve um período na filosofia da biologia em que esse campo era quase idêntico à filosofia da teoria da evolução, especialmente se os debates sobre a natureza das espécies forem incluídos nessa área.