A Patrulha Científica (Science Special Search Party) ainda é a força de defesa da Terra da qual Shinjiro Hayata, filho de Shin Hayata – o Ultraman original –, faz parte.
Desde criança Shinjiro mostrou não ser comum, dotado de poderes especiais, ele nunca soube que seu pai um dia foi o hospedeiro humano do Ultraman. O próprio Hayata, hoje Ministro da Defesa, não se lembrava mais de quando compartilhava seu corpo com o herói espacial. Mas quando uma nova invasão alienígena tem início, a vida do jovem patrulheiro irá mudar drasticamente.
Apesar de atualizar todo o universo da Família Ultra para o nosso presente, os fãs mais antigos irão vibrar com as participações de velhos conhecidos. Desde outros membros da Patrulha Científica e antigos inimigos – como os monstros Bemular e Red King e dos aliens Zetton – até a presença de novas versões dos demais Guerreiros Ultras, entre eles Seven e Jack.